表面结构及吸附建模
以 Pt 为例,进行一系列建模:
- 从数据库导入文件:在菜单中依次点击
文件
→从在线数据库导入
,在弹出的窗口中依次点击Pt
→Search
→Load
; - 扩胞;在菜单中依次点击
建模
→建立超胞
,在弹出的窗口中设置扩胞大小; - 切表面:在菜单中依次点击
建模
→切表面
,在弹出的窗口中设置切面及切面位置和厚度,点击切表面
,在弹出的窗口中设置真空层,点击确定
进行预览(→ 调整位置)→接受
; - 固定底层原子:点击激活选择模式,拖拽选中底下几层原子 →
设置
→限制原子移动
→固定方向(X/Y/Z)
; - 表面吸附单原子:
选择模式
下选中表面某个原子在其上方添加原子,此时只是为了得到该原子的坐标 →建模
→添加原子
→选择原子及设置坐标
(或直接点击); - 表面吸附小分子:在菜单栏中依次点击
建模
→构建分子
→合并
,点击激活拖拽分子模式,拖拽分子到指定位置,点击微调分子位置。