表面结构及吸附建模
以 Pt 为例,进行一系列建模:
- 从数据库导入文件:在菜单中依次点击
文件→从在线数据库导入,在弹出的窗口中依次点击Pt→Search→Load; - 扩胞;在菜单中依次点击
构建→建立超胞,在弹出的窗口中设置扩胞大小; - 切表面:在菜单中依次点击
构建→切表面,在弹出的窗口中设置切面及切面位置和厚度,点击切表面,在弹出的窗口中设置真空层,点击确定进行预览(→ 调整位置)→接受; - 固定底层原子:点击
激活选择模式,拖拽选中底下几层原子 →
设置→限制原子移动→固定方向(X/Y/Z); - 表面吸附单原子:
选择模式下选中表面某个原子在其上方添加原子,此时只是为了得到该原子的坐标 →构建→添加原子→选择原子及设置坐标(或直接点击);
- 表面吸附小分子:在菜单栏中依次点击
构建→构建分子→合并,点击激活拖拽分子模式,拖拽分子到指定位置,点击
微调分子位置。
导入晶胞 | 扩胞 | 切表面 |
固定基矢 | 吸附单原子 | 吸附小分子 |
导入晶胞
扩胞
切表面
固定基矢
吸附单原子
吸附小分子