init_bulk param.json
初始训练集制备,包括对构型(VASP、PWmat等格式)进行驰豫
、阔胞
、缩放
、微扰
和AIMD
(支持 DFTB、PWMAT、VASP)设置。参数列表如下。
data_format
用于设置init_bulk 执行结束后的得到的数据格式,默认为扩展的xyz格式 extxyz
。
reserve_work
是否保留临时工作目录,默认值为 false
, 不保存。
interval
用于设置提取数据时,从轨迹中选取结构的间隔,即在轨迹中,每隔多少个结构选取一个构型,默认值为1
。
sys_config_prefix
用于设置初始构型的路径前缀,可选参数
,与 sys_configs/config
配合设置。可以是绝对路径或者相对路径,相对路径为当前目录。
例子:"sys_config_prefix":"/data/structure"
, "config":"atom.config"
, 则 atom.config
的实际路径是 /data/structure/atom.config
sys_configs
设置构型的文件路径、驰豫(relax)、阔胞(super cell)、缩放晶格(scale)、微扰原子位置(pertub)、AIMD。完整的参数如下例所示。
config
设置构型的文件路径,如果设置了 sys_config_prefix
则进行路径拼接,否则使用 config 中设置的路径作为config路径。
format
设置构型的文件类型,支持 VASP
的 POSCAR
或者 PWMAT
的 atom.config
格式。如果是 POSCAR
文件,则值为 "vasp/poscar"
, 默认值为 "pwmat/config"
。
relax
是否对 config 做驰豫,默认值为 "true"
。
relax_input_idx
设置驰豫使用的控制文件,与 relax_input 配合使用,指定控制文件的位置,如 例子 中所示,使用 relax_input
中设置的 relax_etot1.input
文件作为 PWMAT 控制文件。默认值为0,即使用 relax_input
中的第一个文件作为控制文件。
super_cell
用于阔胞设置,可选参数,如不设置,则对结构不做阔胞。数据格式为 list,支持如下格式输入:[1, 1, 2]
或 [[1,0,0],[0, 2, 0],[0,0,1]]
或 [1,0,0,0, 2, 0,0,0,1]
。
scale
用于对晶格的缩放设置,可选参数,如不设置,则对结构不做缩放。数据格式为 list,如 [0.9, 0.95,0.96, 0.97]
,表示对结构晶格分别进行 0.9, 0.95,0.96, 0.97 微扰,将得到四个微扰后的结构。
perturb
对结构的原子位置做扰动,配合 cell_pert_fraction
、atom_pert_distance
使用,perturb
值为扰动后生成的结构数量。可选参数,不设置则不做扰动。
cell_pert_fraction
对晶格的扰动。对 9 个晶格值分别加上从[-cell_pert_fraction,cell_pert_fraction]范围内的均匀分布中随机采样的值,默认值为 0.03
。