LINEAR 操作演示

这里，我们以 MatPL [源码根目录/example/SiC] 为例，演示 Linear 模型的训练、测试、lammps模拟以及其他功能。案例目录结构如下所示。

SiC
  ├── 1_300_MOVEMENT
  ├── 2_300_MOVEMENT
  ├── atom.config
  ├── linear_test.json
  ├── linear_train.json
  ├── train.job
  ├── linear_lmps
  └── MD
      └── MOVEMENT

• linear_train.json 是训练 linear 力场输入参数文件
• linear_test.json 是测试 linear 力场输入参数文件
• train.job 是slurm 提交训练任务例子
• linear_lmps 目录下 为 linear 力场的 lammps md例子
  • 力场文件 forcefield.ff
  • 初始结构 lmp.config
  • 控制文件 in.lammps
  • runcpu.job slurm 脚本例子

train 训练

在 SiC 目录下使用如下命令即可开始训练： etot.input输入文件示例：

MatPL train linear_train.json
# 或修改环境变量之后通过slurm 提交训练任务 sbatch train.job

输入文件解释

linear_train.json 中的内容如下所示，关于 Linear 的参数解释，请参考 参数手册：

{   
    "train_data":["./1_300_MOVEMENT", "./2_300_MOVEMENT"],
    "valid_data":["./1_300_MOVEMENT"],
    "format":"pwmat/movement",
    "model_type": "Linear",
    "atom_type":[14, 6]
}

程序运行后，会在程序执行目录下生成forcefield目录:

forcefield
├── forcefield.ff
├── fread_dfeat            
│   ├── energyL*           
│   ├── forceL*            
│   ├── linear*            
│   ├── weight_feat.*      
│   ├── energyL*           
│   ├── ...           
│   ├── feat*          
│   ├── weight_feat.*          
│   └── linear_fitB.ntype     
├── input          
│   └── *feature.in     
└── (output)                     
    └── grid*   # feature 1, 2时使用

test 测试

MatPL test linear_test.json

test.json 中的内容如下所示，参数解释请参考 参数手册

{   
    "test_movement_file":["./MD/MOVEMENT"],
    "format": "pwmat/movement",
    "model_type": "Linear",
    "atom_type":[14, 6]
}

注意，这里MOVEMENT文件必须放在名为 MD的目录下面，否则无法识别。 测试结束后的力场文件目录test_result 内容如下：

lammps MD

Linear 模型的 lammps 接口请参考 lammps-fortran 安装和使用。

将训练完成后生成的*.ff力场文件用于 lammps 模拟。 lammps 的输入文件中设置以下内容：

pair_style      matpl
pair_coeff      * * 1 1 forcefield.ff 14 6

其中第一个1表示使用 Linear 模型产生的力场，第二个1表示读取 1 个力场文件，forcefield.ff为 MatPL 生成的力场文件名称，14 和 6 分别为 Si 和 C 的原子序数