使用示例
使用示例 -- Generator
任务设置：
- 任务类型：自洽计算
- 泛函设置：PBE
- 赝势设置：SG15
- 特殊设置：溶剂效应、自旋极化
Step 1. 加载模块 pwkit/1.0
$ module load pwkit/1.0
Step 2. 输入 g 进入 Generator 模块
Step 3. 输入 scpesgspse (不用区分大小写)
Step 4. 输入 KMesh-Resolved value: 0.04
# 1. 输入 g 进入 Generator 模块
# 2. 输入 scpesgspse (不用区分大小写)
# 3. 输入 KMesh-Resolved value: 0.04
$ pwkit
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| .__/ \_/\_/ |_| |_| |_|\__,_|\__| pwmat kit Usage: pwkit -h
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================================== Generator ===================================
g) 进入 Input Generator 模块
为 PWmat 生成输入文件。
==================================== Module ====================================
m) 进入 Module
在PWmat的基础功能上, 我们针对用户的使用需求开发了一些顶层模块(MODULE)。
这些MODULE中的一部分是与已有的优秀工具的接口, 一部分是以PWmat的计算结果为基础得
到实际需要的物理量, 一部分则是为特定的计算需求而设计的计算流程。这些MODULE涵盖了
物质结构, 基础性质, 针对大体系的计算以及机器学习力场等, 功能全面。
=================================== Utility ====================================
u) 进入 Utility
为了方便用户进行计算的前、后处理, PWmat安装包内附带了一系列实用程序。通过这些程
序, 我们可以实现PWmat结构文件和其他常见晶体结构文件之间的相互转换、处理数据得到
可视化电荷密度、能带结构图、投影态密度、真空能级等操作。
q) 退出
------------>>
g
---------------------------------- 任务类型 -----------------------------------
SC) 自洽计算 CR) 晶格+原子位置优化 AR) 固定晶格优化原子位置
NS) 非自洽计算 DS) 原子轨道投影（态密度）
---------------------------------- 泛函设置 -----------------------------------
PE) PBE(默认) 91) PW91 PS) PBEsol LD) CA-PZ H6) HSE06
H3) HSE03 P0) PBE0 B3) B3LYP TP) TPSS SC) SCAN
---------------------------------- 赝势设置 -----------------------------------
SG) SG15(默认) PD) PD04 FH) FHI PW) PWM UD) 自定义
---------------------------------- 特殊设置 -----------------------------------
SP) 自旋极化 SO) 自旋轨道耦合 SN) 非共线磁矩+自旋轨道耦合 CS) 带电体系
PU) DFT+U D3) DFT-D3 FF) 固定电势计算 SE) 溶剂效应
---------------------------------- 输入示例 -----------------------------------
SCH6 CRSPCS
bb) 返回上一级目录
q) 退出
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scpesgspse
************************************* 任务设置 *************************************
1. 任务类型: 自洽计算
2. 泛函设置: PBE
3. 赝势设置: SG15
4. 特殊设置: 溶剂效应、自旋极化
************************************************************************************
当前目录下共有 9 个文件。搜索当前目录是否含有 atom.config 格式 的文件...
+-----------------------------Warm Tips------------------------------+
* Accuracy Levels: Gamma-Only: 0;
Low: 0.06~0.04;
Medium: 0.04~0.03
Fine: 0.02~0.01
* 0.03~0.04 is Generally Precise Enough!
+--------------------------------------------------------------------+
Input Kmesh-Resolved Value (in Units of 2*PI/Angstrom):
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0.04
Part I. 任务类型设置成功...
Part II. 泛函类型设置成功...
Part III. 赝势类型设置成功...
Part IV. 特殊设置成功...
+-----------------------------Warm Tips------------------------------+
* 额外需要输出文件IN.SOLVENT (自动生成)
+--------------------------------------------------------------------+
Part IV. 特殊设置成功...
产生文件 etot.input:
1 4 # 并行设置: 波函数并行设置、K点并行设置，两者之积必须等于GPU总数
### 基础设置
JOB = SCF
XCFUNCTIONAL = PBE
ACCURACY = NORMAL
CONVERGENCE = EASY
PRECISION = AUTO
### 电子自洽设置
Ecut = 50
MP_N123 = 2 5 1 0 0 0 0
SCF_ITER0_1 = 6 4 3 0.0 0.025 1
SCF_ITER0_2 = 94 4 3 1.0 0.025 1
### 特殊设置
SPIN = 2 # 自旋极化
### 其他设置
#CHARGE_DECOMP = T
#NUM_BAND = XX
#SYMM_PREC = 1E-5
### 输入输出设置
IN.ATOM = atom.pwmat
IN.PSP1 = Ni.SG15.PBE.UPF
IN.PSP2 = O.SG15.PBE.UPF
IN.PSP3 = Fe.SG15.PBE.UPF
IN.PSP4 = Na.SG15.PBE.UPF
IN.PSP5 = Mn.SG15.PBE.UPF
IN.PSP6 = Zn.SG15.PBE.UPF
IN.WG = F
IN.RHO = F
IN.VR = F
IN.KPT = F
OUT.WG = T
OUT.RHO = T
OUT.VR = T
OUT.VATOM = T
IN.SOLVENT = T # 溶剂效应
OUT.SOLVENT_CHARGE = T # 溶剂效应
使用示例 -- Module
查看声子计算的 electron-phonon coupling 模块
Step 1. 加载模块 pwkit/1.0
$ module load pwkit/1.0
Step 2. 输入 m 进入 Module 模块
Step 3. 输入 6 （声子计算模块）
Step 4. 输入 4 （electron-phonon coupling (EPC) 模块）
$ pwkit
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| .__/ \_/\_/ |_| |_| |_|\__,_|\__| pwmat kit Usage: pwkit -h
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================================== Generator ===================================
g) 进入 Input Generator 模块
为 PWmat 生成输入文件。
==================================== Module ====================================
m) 进入 Module
在PWmat的基础功能上, 我们针对用户的使用需求开发了一些顶层模块(MODULE)。
这些MODULE中的一部分是与已有的优秀工具的接口, 一部分是以PWmat的计算结果为基础得
到实际需要的物理量, 一部分则是为特定的计算需求而设计的计算流程。这些MODULE涵盖了
物质结构, 基础性质, 针对大体系的计算以及机器学习力场等, 功能全面。
=================================== Utility ====================================
u) 进入 Utility
为了方便用户进行计算的前、后处理, PWmat安装包内附带了一系列实用程序。通过这些程
序, 我们可以实现PWmat结构文件和其他常见晶体结构文件之间的相互转换、处理数据得到
可视化电荷密度、能带结构图、投影态密度、真空能级等操作。
q) 退出
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m
--------------------------- 物质结构 ---------------------------
1) 结构搜索 2) 无序结构
3) 分子动力学数据处理 4) CIF 文件转换与结构处理
---------------------- 电子结构及声子计算 ----------------------
5) 电子结构 6) 声子计算
-------------------- 光、磁、力学和极化性质 --------------------
7) 光学性质 8) 磁学性质
9) 力学性质 a) 极化性质
--------------------------- 其他模块 ---------------------------
b) 缺陷性质 c) 电化学性质
d) 输运性质 e) 超快动力学过程
f) Beyond DFT g) 电子束辐照分解
h) 大体系计算 i) 机器学习力场
j) 其它
bb) 返回上一级目录
q) 退出
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6
============================== PWmat 模块 --> 声子计算 ===============================
1) PyPWmat
2) High temperature phonon calculation
3) PWphono3py
4) electron-phonon coupling (EPC)
bb) 返回上一级目录
q) 退出
------------>>
4
==================================================================== Module --> electron-phonon coupling (EPC) =====================================================================
1.模块简介
----------
使用瓦尼尔函数（wannier functions, WFs）计算电声耦合矩阵。
2.使用手册
----------
http://www.pwmat.com:3389/pwmat-resource/module-download7/pdf/guide_EPC.pdf
bb) 返回上一级目录
q) 退出
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使用示例 -- Utility
查看数据可视化的 plot_DOS.py 工具
Step 1. 加载模块 pwkit/1.0
$ module load pwkit/1.0
Step 2. 输入 u 进入 Utility 模块
Step 3. 输入 2 （plot_DOS.py）
$ pwkit
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| '_ \ \ /\ / / '_ ` _ \ / _` | __| website: http://www.lonxun.com
| |_) \ V V /| | | | | | (_| | |_ v1.0.0
| .__/ \_/\_/ |_| |_| |_|\__,_|\__| pwmat kit Usage: pwkit -h
|_|
================================== Generator ===================================
g) 进入 Input Generator 模块
为 PWmat 生成输入文件。
==================================== Module ====================================
m) 进入 Module
在PWmat的基础功能上, 我们针对用户的使用需求开发了一些顶层模块(MODULE)。
这些MODULE中的一部分是与已有的优秀工具的接口, 一部分是以PWmat的计算结果为基础得
到实际需要的物理量, 一部分则是为特定的计算需求而设计的计算流程。这些MODULE涵盖了
物质结构, 基础性质, 针对大体系的计算以及机器学习力场等, 功能全面。
=================================== Utility ====================================
u) 进入 Utility
为了方便用户进行计算的前、后处理, PWmat安装包内附带了一系列实用程序。通过这些程
序, 我们可以实现PWmat结构文件和其他常见晶体结构文件之间的相互转换、处理数据得到
可视化电荷密度、能带结构图、投影态密度、真空能级等操作。
q) 退出
------------>>
u
--------------------- Utility---------------------
1) 格式转换 2) 数据可视化
3) 数据后处理 4) 其它
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2
-------------------------- 数据可视化 ---------------------------
1) plot_band_structure.x 2) plot_DOS.py
3) absorption_spec_K2step.x 4) plot_wg.x
5) plot_DOS_interp.x 6) plot_ABSORB_interp.x
7) plot_TDDFT.x 8) plot_fatband_structure.x
9) plot_electrical_conductivity.x a) plot_TDDFT_allk.x
b) plot_TDDFT_rho.x
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2
============================================================================= Utility --> plot_DOS.py ==============================================================================
1.工具简介
----------
用于画态密度
2.使用手册
----------
http://www.pwmat.com:8080/upload/utility/pdf/plot_DOS.pdf
bb) 返回上一级目录
q) 退出
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